BGK w okupowanej Polsce

W miastach, które znalazły się na terenach zajętych przez Sowietów, oddziały BGK zlikwidowano. Na terenach przyłączonych do III Rzeszy oddziały BGK, podobnie jak oddziały innych polskich państwowych banków, postawiono w stan likwidacji. W Generalnym Gubernatorstwie centrala BGK oraz niezależnie od niej oddziały wraz z częścią przedwojennych pracowników funkcjonowały w ograniczonym zakresie, pod niemieckim kierownictwem.

W październiku 1939 r. pracownicy centrali BGK założyli spółdzielnię pracy „Spólnota”, której celem była finansowa pomoc dla bezrobotnych pracowników BGK oraz działalność konspiracyjna, za którą wielu członków spółdzielni zapłaciło najwyższą cenę. Jedna z kas pancernych w gmachu centrali BGK służyła do przechowywania środków finansowych Armii Krajowej. W 1941 r. w centrali i oddziałach BGK zatrudnionych było 498 pracowników, w 1942 r. 462, z czego 360 w centrali.

W sierpniu 1944 r. gmach centrali BGK zajęły niemieckie oddziały, Stacjonowały w nim do końca Powstania Warszawskiego. Jako jeden z nielicznych budynków w tej części Warszawy, nie został on przez wojska niemieckie zniszczony.

Po upadku Powstania Warszawskiego pracownicy centrali BGK zostali wraz z ludnością Warszawy wywiezieni z miasta w głąb Niemiec. Pod koniec października 1944 r. były zarządca komisaryczny BGK dyr. Zieliński otrzymał od władz niemieckich polecenie powrotu z grupą pracowników centrali do Warszawy w celu przygotowania do wywiezienia mienia BGK. Niemcy wywieźli ze zdewastowanych wnętrz gmachu BGK maszyny, dywany, cześć akt oraz 30 mln zł. wydobytych ze skarbca przez otwór pod drzwiami, których nie udało im się wysadzić.